1、性質不同。質詢必須以質詢案的形式提出，屬于議案的一種，一般是針對國家行政、審判、檢察機關工作中比較重大的問題并要求作出答復，帶有批評性和強制性。而詢問只具有介紹、說明的性質，幫助人大代表或常委會組成人員了解有關報告或議案的情況，以便于審議和表決，不具有議案的性質。
2、提出的法定條件不同。在全國人民代表大會開會期間，一個代表團或30名以上代表聯名；在全國人大常委會開會期間，常委會組成人員10人以上聯名；在地方各級人民代表大會舉行會議的時候，代表10人以上聯名；在地方各級人大常委會會議期間，省、自治區、直轄市、自治州、設區的市的人大常委會組成人員5人以上聯名，縣級人大常委會組成人員3人以上聯名，可以提出對“一府兩院”的質詢案。質詢案必須以書面形式提出，必須寫明質詢的對象、問題和內容，即必須寫明質詢是針對政府或者政府的哪個部門、法院或者檢察院提出的；必須寫明質詢什么事情和為什么質詢。而提出詢問則沒有人數方面的規定，也沒有要求必須以書面形式提出。
3、處理程序不同。質詢案的處理程序比較復雜。它要由主席團或委員長會議，或主任會議決定，是由受質詢機關書面答復，還是在有關的會議上口頭答復。如因提出質詢的問題比較復雜，確實難以在本次會議期間作出答復的，主席團，或者委員長會議，或者主任會議經征求提出質詢案的代表同意，也可以決定由被質詢機關在人大閉會期間提出書面答復或者在有關的會議上答復。在代表大會期間，在主席團會議或者專門委員會會議上答復的，提質詢案的代表團團長或者提質詢案的代表可以列席會議，發表意見。在常委會會議期間，在專門委員會會議上答復的，提質詢案的常委會組成人員有權列席會議，發表意見。提出質詢案的代表半數以上對答復不滿意的，可以要求受質詢機關再作答復。同時，受質詢機關的口頭答復人須是受質詢機關的領導人。以書面形式答復的，應由受質詢機關的負責人簽署。而詢問的運作程序則簡便、靈活多了，沒有規定要經大會主席團或者委員長會議或者主任會議決定詢問與否。一般采取隨問隨答的方式，沒有嚴格的程序規定。代表個人即可以提出詢問。對回答詢問的人也沒有嚴格要求，一般由有關機關派負責人或者負責人員回答詢問即可。